技術(shù)介紹
m6A是轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中重要的表觀遺傳修飾方式，該甲基化過程通過Writers（m6A甲基轉(zhuǎn)移酶）、Erasers（去甲基化酶）和Readers（識別甲基化酶）的調(diào)控作用在腺嘌呤A的第6位氮原子上，具有影響基因表達(dá)、RNA剪接、RNA穩(wěn)定和蛋白翻譯等功能。
meRIP-Seq是目前分析m6A修飾分布的最常用測序技術(shù)，該方法將抗體依賴性m6A修飾區(qū)域富集與高通量測序相結(jié)合，可以高效地在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)檢測m6A的存在。
應(yīng)用方向
1.構(gòu)建全轉(zhuǎn)錄組m6A修飾圖譜；
2.識別m6A修飾富集區(qū)域及其關(guān)聯(lián)基因；
3.分析m6A修飾差異區(qū)域及其關(guān)聯(lián)基因；
4.與轉(zhuǎn)錄組、翻譯組、蛋白組等組學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析，挖掘m6A影響基因功能的具體機(jī)制。
技術(shù)優(yōu)勢
1.樣品起始量低：
Total RNA起始量低至20μg。
2.全轉(zhuǎn)錄組信息覆蓋：
獲得全轉(zhuǎn)錄組范圍m6A修飾富集區(qū)域及其關(guān)聯(lián)基因信息。
3.先進(jìn)的測序平臺：
采用DNBSEQ技術(shù)測序平臺，結(jié)果更可靠。
4.一站式服務(wù)：
提供樣品處理、建庫、測序和分析的全套服務(wù)，更可以提供多組學(xué)聯(lián)合分析。
技術(shù)流程
送樣建議
樣本來源：人、大鼠和小鼠（其他樣本類型請咨詢）。
1.新鮮或凍存組織樣本≥10mg；
2.新鮮或凍存細(xì)胞系樣本≥107cell；
3.RNA總量≥20μg，濃度≥200ng/μL。
實(shí)測數(shù)據(jù)
經(jīng)典案例
圖 3 通過比較DNA甲基化、METTL3 TAP ChIP-Seq和meRIP-Seq數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)多個(gè)m6A富集基因的啟動子區(qū)內(nèi)CpG島和METTL3富集區(qū)域一致，提示RNA的轉(zhuǎn)錄后修飾可能與其他的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制存在關(guān)聯(lián)，也提示了meRIP-Seq數(shù)據(jù)與其他組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行多組學(xué)分析的重要性
參考文獻(xiàn)：Xiao S, Cao S, Huang Q, et al. The RNA N6-methyladenosine modification landscape of human fetal tissues[J]. Nature cell biology, 2019, 21(5): 651-661.
本文利用m6A-meRIP-seq技術(shù)獲得了21個(gè)胎兒組織m6A分布圖譜，確定了m6A的組織間差異以及這種差異對組織特異性基因功能的影響，證明m6A與組織內(nèi)關(guān)鍵基因穩(wěn)定性正相關(guān)；
除了mRNA，本文還詳細(xì)報(bào)道了lincRNA中m6A分布特點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)增強(qiáng)子lincRNA富含m6A修飾；組織上m6A修飾區(qū)域通常富含與常見疾病數(shù)量性狀和復(fù)雜性狀表達(dá)相關(guān)的SNP，這可能會影響m6A修飾；最后，發(fā)現(xiàn)m6A修飾優(yōu)先占據(jù)富含CpG啟動子的基因。總之，本研究揭示了m6A過程受到遺傳變異和啟動子的廣泛調(diào)節(jié)，以及在人類發(fā)育和疾病中的廣泛參與而起到重要作用。
